Лаборатория минералогии почв была организована фактически с момента организации Института агрохимии и почвоведения АН СССР.
В 1986 году была преобразована в лабораторию геохимии и минералогии почв и объединила специалистов геологов, геофизиков и почвоведов с целью поиска и разработки системы геохимических и минералогических показателей состояния твердофазных компонентов почв для анализа направленности почвенных и ландшафтно-геохимических процессов, восстановления условий окружающей среды.